„Маги в Селището на пчелите“ разказва историята за момиченце, което помага на дядо си на пчелина. Детето толкова много иска да опознае магическия свят на малките полезни същества – пчеличките, че един ден се случва магия. Маги се смалява на ръст по-малка от пчела и влиза в един от кошерите. Там се запознава с пчелите Зизу и Зара и с пчелния живот, погледнат отвътре, а след това със светулката Мани. По това време пчелното население е в очакване новата царица Зоя да се завърне в кошера, след срещата си с търтеите.

Междувременно пчелата Зара показва на Маги какъв е животът на пчелите и извън кошера и какво е да се лети със собствени крилца, развеждайки я из околностите. Срещат се със скалната роза, стършелите, горския пират Юри и Лъжника. По време на техните приключения, невинаги безопасни, Маги разбира какво е да имаш приятел в лицето на стоножката Пепа.