Проф. д-р Траян Гоцевски е автор на повече от 40 книги и над 150 публикации, много от които преведени на английски, френски и албански език, по-важните от които са: Отбраната на Македония (1991, 1992); Колективната безопасност и отбраната на Македония (1993); Неутрална Македония от визия до реалност (1995); Основи на отбранителната система на Македония (1995); Икономика на отбраната (1991); Съвременни тенденции на отбраната (1997); Основи на системата на националната отбрана (2002); Разрешаване и трансформация на конфликти (1999); Отбранителната самостоятелност на Македония (2000); Християнството и мирът (2002); Кризисен мениджмънт (2001); Политически и икономически системи на отбраната на Македония (1989, 1994, 1995, 2001); Икономика на образованието (1993, 1996); Образователен мениджмънт (1997).